Kommen wir noch mal auf die Ursprungsfrage:

"Gibt es mittels SQL eine Möglichkeit alle eindeutigen Datensätze in eine neue Datei zu schreiben, d.h. dass dann ein Datensatz nur einmal vorkommt?"

=>
Insert into NewTable
select distinct * from OldTable

=>
create table NewTable as (
select distinct * from OldTable)
with data

Mittels Group und Having erhält man doch nur die Sätze, die wirklich mehr als 1x vorkommen.
Was ist mit den Daten, die wirklich nur 1x da sind?
Der DISTINCT (Eindeutig!) fasst alle doppelten zusammen. Der Group/Having macht nur Sinn, wenn man mehrfache Schlüssel hat, diese jedoch unterschiedliche Daten.