Gute Erklärung, geht am Problem aber vorbei.
In der XML steht eine Encoding-Anweisung, z.B.:

?xml version="1.0" encoding="ISO-8859-1" ?

Bei der Ausgabe der XML-Datei ins IFS mit UTF8 soll genau diese Anweisung nun angepasst werden:

?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?

Und genau dies passiert eben nicht, da SQL ja den textlichen Inhalt nicht verfälschen darf.
Wenn also eine Codewandlung durchgeführt wird, so ist die Process-Anweisung eben manuell (also per Code) selber durchzuführen.