Erstmal eins vorweg: einen Auto-Logoff hat es auf der AS/400 noch nie gegeben.
QINACTITV gilt nur für Jobs, die z.B. durch DSCJOB unterbrochen sind.

VPN-Einstellungen (TCP) halte ich für das wahrscheinlichste.
Per CHGTCPA kann man die Pingrate (Default 7200 Sekunden) runterschrauben, bei der die AS/400 das Vorhandensein eines Clients prüft. Hier haben sich 60 Sekunden als akzeptabel herausgestellt.

Desweiteren gibt es eine Einstellung im Job, was bei unterbrochenen Jobs passieren soll.
*DSCMSG trennt den Job und pausiert ihn, so dass ein Wiederanmelden mit Sitzung und User möglich ist. Das geht natürlich nicht, wenn man mit generierten Sitzungen (QPADEVxxx) arbeitet, da man hier selten die selbe Sitzung erwischt.