Wenn die Bereitstellung auf dem Server nicht "sicher" ist, passiert genau so was!
Es kann sogar zu halben Daten kommen.
Daher empfehle ich die Bereitstellung immer in 2 Schritten:
1. Daten mit temporärem Namen erstellen
2. Rename in originalen Namen
Und keinen "mget *" durchführen!

Umgekehrt, bei der Bereitstellung im IFS mache ich das genauso.

Bei nicht gesicherten Protokollen wie FTP muss man sich halt was überlegen.