Mit dem unixODBC hab ich schon auf einer RedHat Maschine gearbeitet und kann da auf Oracle, DB2 usw. zugreifen.
Ich hab's jetzt nicht probiert, aber da dieses unixODBC auch für PASE verfügbar ist müssten auch entsprechende ODBC Treiber dort lauffähig sein.
Ganz nach dem Motto: Probieren macht klug.

Der Vorteil bei ODBC auf der IBM i ist auch, dass man viele Open Source Projekte quasi 1:1 auf der IBM i verwenden kann ohne die DB Zugriffe umzuschreiben, wenn diese ODBC verwenden.

Etwas Aufwand hat man bei jeder Lösung. Ist die Frage was einem lieber ist.
JDBC Job via Java, dann kann man im PHP via db2_connect() die Verbindung aufbauen.
Oder via ODBC und da gibt's in PHP ebenfalls klassische Zugriffe (z.B.: PDO).