Da Query auch Views abfragen kann, musst du eine View mit berechneten Feldern, z.B. UPPER(NAME) as NAME, definieren. Dann klappt das auch.
Einfacher ist sicherlich SQL.
Der Vorteil von Query, Ausgabedateien erstellen zu lassen geht ja auch inzwischen mit SQL:

create table bla as
(select * from blub where ...)
with data.

Vorsicht beim Umstellen von QRYDFN mit SQL-Erstellung.
Die diversen Verknüpfungen von Query werden gerne als Inner Join, statt z.B. left join erzeugt.