Daten der CCSID 1208 können erst mal per SQL (ACS) bzw. im IFS mit EDTF korrekt betrachtet werden.
Wenn die Daten da in Ordnung sind, muss die Art der Verarbeitung das Problem sein.
Macht ihr das mit RPG, ist es wichtig keine einfachen Char sondern grundsätzlich UCS2-Variablen mit CCSID 1200 zu verwenden.

Ihr könntet ja die IFS-Datei auch direkt per CPY in CCSID 1200 kopieren, warum den Umweg?
Schon länger gibts auch den Zugriff per CLOB_FILE, wenn die IFS-Datei mit der richtigen CCSID getagt ist:
https://www.ibm.com/docs/de/i/7.5?to...s-that-use-sql
Die benutze ich schon des längeren, um EDI-Dateien per ILERPG zu lesen.

Alternativ kann man IFS-Dateien auch per SQL lesen, z.B. mit IFS_READ_UTF8:
https://www.ibm.com/docs/en/i/7.5?topic=is-ifs-read-ifs-read-binary-ifs-read-utf8-table-functions