Ich würde dir da direkt Java empfehlen, da Java sowohl auf DB2 als auch SQL-Server native per JDBC zugreifen kann und zusätzliche Batchjobs wie Ardgate nicht erforderlich sind.
Auch ist die ernsthafte Frage, wie lange ArdGate noch gepflegt wird.
Ich weiß nicht, ob es je einen Nachfolgepflleger gibt.

Auch auf Windows/Linux-Büxen gibts genug Tools, die das sehr gut können, z.B. Talend Open Studio.
Letzteres hat auch grafische Frontends für komplette, automatisierbare, Worklflows.

Und wenn dir dies zu kompliziert ist, kann das letztlich der SQL-Server native ebenso.
Man richtet da einen Verbindungsserver zur DB2 for i ein und kann Daten lesen, schreiben, löschen, ebenso mit simplen SQL-Befehlen.