Überprüfe mal die Dateien auf der AS/400 ob diese eine korrekte CCSID haben, sonst klappt die Umsetzung nicht.
Wenn du die Eigenschaft "Convert65535" auf TRUE setzt, kann es genau zu diesen Problemen kommen, da dann zwar EBCDIC in ASCII umgesetzt wird, aber die Codepage der AS/400 dann als z.B. 273 angenommen wird.