Das sieht mir eher nach einem ungewöhnlichen Übertragungsfehler als nach Encoding-Problemen aus.
Wenn die Datei auf Linux noch OK ist, ist für die AS/400 alles in Ordnung. Der Fehler liegt in der Übertragung von Linux zu Windows.
Übertrage mal im BIN-Modus, ob dann der Fehler weg ist.