RFC steht für Remote-Function-Call ?
Dann hast du etwas schlechte Karten.

Standardmäßig bietet die AS/400 nur das DRDA-Protokoll zum Zugriff auf andere DB's.
Per Java kannst du dir natürlich JDBC-Treiber für SAP/R3 auf der AS/400 installieren und dann einen RFC ausführen. Zusätzlich greifst du aber auch auf die eigene DB mittels JDBC zu (IBM-Java-Toolkit).

Alternativ gibst du eine CSV-Datei aus (SQL/QUERY und CPYFRMIMPF), per FTP auf die Unix-Kiste und dann dort Import in SAP/R3.

Als 3. Möglichkeit, kleines Programm (VB, Access, Excel) und per ODBC von AS/400 lesen und per RFC (Treiber für ODBC an SAP/R3 muss es wohl geben) an SAP übertragen.