Klar kann ich solche Problem immer mit einem anständigen Source-Control-System verfolgen (da gibts auch mehrere).
Aber leider hilft auch dies nicht immer, insbesonders wenn noch zusätzliche Fremdprodukte auf gemeinsame Dateien zugreifen, die ich in mein SCS nicht unterkriege.

Ich kann da nur Dieter zustimmen:
Vorher Gedanken über die Datenbank machen und bei der Programmierung darauf achten.
Verwendet man kein SQL muss man eben neue Felder in eigenen Tabellen unterbringen (früher nannte man das Rucksack-Dateien) wenn man nicht ALLE betroffenen Programm neu erstellen kann.

Übrigens:
Bis V4R5 hatte auch Query/400 LVLCHK-Fehler bei geänderten Dateien.
Seit V5 prüft Query/400 nun mit SQL und meldet nur noch dann Fehler, wenn er Felder nicht mehr findet bzw. die Attribute nicht mehr kompatibel sind.