Anbei eine Antwort von Barbara Morris (die bei IBM bzgl. RPG und Java nicht ganz unbekannt ist). Ich hab das allerdings noch nicht ausprobiert.

you won't be able to end the JVM when you go to V5R2. The system changed not to allow the JVM to be destroyed explicitly, and if it gets destroyed due to some error, you can't create another one.
Gruß,
KM