Wenn du weiterhin 5250-Anwendungen machen willst, kommt Java auf der AS nicht zum Zuge. Auch für Batchverarbeitung ist Java eher nicht geeignet.
Dialoganwendung für Browser ist das eigentliche Ziel und da ist Java sehr gut geeignet.
Dateizugriffe sollten grundsätzlich mit SQL erfolgen auch wenn die Toolbox noch andere Möglichkeiten eröffnet.