Fehler gefunden - Problem gelöst.

Das Apache-Migrationsprogramm ist fehlerhaft und setzt Anweisungen für die Umgebungsvariablen falsch um:
CustomLog "" logs/accesslog env!=exclude_01," env!=exclude_02"
Richtig ist einfach nur:
CustomLog logs/accesslog env=!exclude

Geht doch nix über die Original-Apache-Dokumentation. Leider sind manche Anweisungen nicht mit dem AS/400-Apache kompatibel ...