Wenn die Daten sowieso statisch sind, kopiere diese doch alle in eine Datei mit Key Filiale/Artikel.
Auch das lässt sich automatisieren, da mittels DSPOBJD in Outfile alle Dateien ermittelbar sind und einfach ein CPYF in eine neue Bestandsdatei zusammenzuführen sind.

Ansonsten kann ich nur sagen: sch... Konzept der DB.