Irgendwas scheint an Deinem Programm nicht Unicode-fähig zu sein.
Die Angaben sind jedoch etwas dürftig, um genaueres zu sagen.

Wie greifst Du denn auf die Zellinhalte der Excel-Tabelle zu ? Ich habe eine solche Lösung mit POI erstellt. Damit funktioniert das ohne Probleme. Da werden auch die Zeichen korrekt extrahiert.

Könntest Du ggf. etwas Code preisgeben ?

Gruß,
KM