Häppchenweise macht natürlich nur mit angehängten Indexen Sinn.

Bevor Du aber die Sicherung umgehst, schreib lieber ein Kopierprogramm, dass Satz für Satz nimmt, kopiert und aus der Quelldatei herauslöscht, und das z.B. alle 1000 Sätze prüft, ob ein Datenbereich auf "X" steht.
Hiermit kannst Du kurz vor der Sicherung die Datei entsperren, und den Kopierjob gleich nach der Sicherung wieder anlaufen lassen.
So kannst Du auch steuern, dass tagsüber das Ding nicht läuft, weil die Anwender sich wahrscheinlich reihenweise über die Performance beschweren würden.

Ich würde auf jeden Fall prüfen, ob die Indexe neu aufzubauen nicht doch möglich ist.

Gruß
Christian