Ob ein QueryTimeout auf eine Stored-Procedure funktioniert, habe ich noch nicht ausprobiert.

Allerdings läuft ein CALL SQL-Procedure in einem anderen Job als CALL Programm und unterliegt auch anderen Regeln !!!

Ausserdem muss die Procedure dann für die AS/400 ThreadSave sein, da sonst kein Timeout-Thread gestartet werden kann.
Also kein Aufruf von RPG's, CLP's usw. sondern ausschließlich C bzw. native SQL-Prozeduren, die als Threadsave deklariert wurden.