Das Kommentieren/Ergänzen von Excel ist auf diesem Wege nicht möglich.
Hierzu bedarf es erweitete Tools (POI mit Java, oder iExcelGen), die dieses unterstützen.

Die Alternative ist das RPG'le zu vergessen und einen Datenimport (ODBC) im Excel einzubauen.
Dieser Import kann sich automatisch beim Öffnen des Excels aktualisieren.

Sollte der MS-Query zu kompliziert sein, dann erstelle keine CSV im IFS sondern schreibe in eine PF auf der AS/400. Diese kann sich Excel dann ganz leicht reinziehen.
Das kostet nix und ist total einfach.