Könnte durchaus sein, dass mit Native IO es etwas schneller geht.
Das mit dem Testen ist jedoch so eine Sache ...
Hast du den Native IO Test direkt nach dem SQL Test gemacht?
Wenn die Tabelle einmal im RAM ist geht's grundsätzlich schon mal schneller und das ist auch das Problem bei Systemen die sich Langweilen, im Gegensatz zu System die aktiv sind.
Dort sind Tabellen bzw. Objekte die öfters verwendet werden auch im RAM und dadurch schneller zugreifbar.
Dann wäre auch noch die Frage wie die Zeitmessung bei Native IO ausgesehen hat? Vor dem Programm start oder im Programm? Wenn im Programm, hast du mit USROPN gearbeitet und den Startzeitpunkt vor dem OPEN gesetzt usw.

lg Andreas