In Verbindung => Connected => JDBC-Konfiguration bearbeiten => System => Isolationsstufe.

@D*B:
Wenn man Alternativen verwenden darf, gehts.
Ansonsten ist ACS ganz OK, nur bei manchen Dingen wie z.B. Intellisense (Autovervollständigen) etwas schwach. Wenn man aber mindestens einmal STRG+Leerzeichen verwendet hat und die Geduld aufbringt (Kaffee holen oder wegbringen) dann gehts auch.
Was andere nicht anbieten ist die Zugriffsanalyse (ob meine selbst erstellten Indizes verwendet werden).

35 Minuten für nur 3,2 Mio Sätze? Bist du da Remote via VPN drauf oder läuft dein Java in 32-Bit?
Ich habe native Tests mal gemacht, da konnten bis 200Mio Zeilen/Stunde abgeholt werden, allerdings mit ODBC. Der OLEDB IBMDASQL/IBMDA400 sowie der native .Net-Treiber waren da sogar langsamer.