Die Complierung macht nur einen Syntaxcheck und erstellt den Zwischencode.
Die Referenzen werden erst zur Laufzeit aufgelöst.
Vielleicht fehlt dir in der Quelle ja eine Import-Direktive ohne die die Klasse nur mit ihrem vollständigen Namen verwendet werden kann.

Bevor du Java auf die ibm i schiebst, empfehle ich dir, das über Eclipse erst zu testen.
Da hast du mehr Möglichkeiten.
Falls du die JT400.Jar dann benötigst, kannst du die auch lokal kopieren.